شاکله اصلی این موسسه پژوهشی به سال 1360 و آغاز فعالیت «سازمان پژوهش های علمی و صنعتی ایران» در خراسان بزرگ برمی گردد که پس از تبدیل این سازمان در استان ها به پارک های علم و فناوری در سال 1381، این موسسه پژوهشی با نام «پژوهشکده تحقیقات توسعه فناوری» به فعالیت خود ادامه داد.

با توجه به برنامه آمایش سرزمین و مزیت های منطقه شرق کشور در زمینه تولیدات کشاورزی و صنایع غذایی در سال 1385 با تغییر عنوان به «پژوهشکده علوم و صنایع غذایی» به صورت تخصصی در این زمینه به فعالیت خود ادامه داد.

با توجه به سوابق و عملکرد پژوهشکده علوم و صنایع غذایی در سال های گذشته و میزان اثر بخشی آن در صنعت غذا، شورای گسترش آموزش عالی وزارت علوم، تحقیقات و فناوری با ارتقای این پژوهشکده به موسسه پژوهشی علوم و صنایع غذایی موافقت کرد.

ساختار تشکیلاتی این موسسه مشتمل بر دو پژوهشکده «علوم و مهندسی صنایع غذایی» و «فناوری های پیشرفته مواد غذایی» است که به ارائه خدمات پژوهشی، آزمایشگاهی، مشاوره های تخصصی و فنی و مهندسی در زمینه صنعت غذا خواهد پرداخت.

بر اساس این مصوبه گروه های پژوهشی «طراحی ماشین آلات»، «فرآوری» و «شیمی مواد غذایی» به عنوان زیر مجموعه پژوهشکده علوم و صنایع غذایی و گروه های پژوهشی «نانو فناوری»، «زیست فناوری» و «ایمنی و کنترل کیفیت مواد غذایی» به عنوان زیر مجموعه پژوهشکده فناوری های پیشرفته مواد غذایی به فعالیت خود ادامه می دهند.

هم اکنون موسسه پژوهشی علوم و صنایع غذایی به عنوان یکی از مراکز پژوهشی وابسته به وزارت علوم، تحقیقات و فناوری به منظور پاسخگویی به نیازهای تخصصی داخلی و با توجه به مزیت های منطقه شرق کشور در زمینه صنعت غذا، فعالیت خود را به عنوان موسسه پژوهشی مستقل ملی ادامه می دهد.

جذب دانشجوی دکتری پژوهش محور، برقراری ارتباطات گسترده بین المللی برای دستیابی به آخرین دستاوردهای پژوهشی مراکز علمی جهان در زمینه صنعت غذا و نیز انعقاد قراردادها و تفاهم نامه های داخلی با مراکز دولتی و بخش خصوصی مرتبط با صنعت غذا از مهمترین اقدامات اجرایی این موسسه پژوهشی  در سال های اخیر به شمار می رود.