حوزه معاونت پژوهش و فناوری به عنوان رکن اصلی برنامه­ ریزی، مدیریت و اداره کلیه امور پژوهشی موسسه فعالیت دارد.

مدیریت اجرای پروژه­ های تحقیقاتی کاربردی در پاسخ به رفع چالشها و نیازهای تحقیقاتی جامعه و به ویژه صنعت و نیز پروژه­ های کلان ملی براساس اولویت­ها و اسنادبالادستی نقشه جامع علمی و برنامه ­های توسعه­ ای با تأکید بر نوآوری و ارتقای دانش و فناوری در علوم و صنایع غذایی به عنوان مهم­ترین فعالیت­های این معاونت به شمار می­آید. همچنین کنترل و نظارت و پایش و هدایت فرآیندهای پژوهشی بر اساس برنامه تعیین شده در طرح­های پژوهشی و همکاری­های علمی وپژوهشی در اجرای پروژه­های مشترک تحقیقاتی با سایر مراکز و بخش­های صنعتی حوزه غذا و برگزاری همایش­ها و رویدادهای مهم علمی و پژوهشی نیز از جمله مأموریت­های این معاونت می­باشد. با توجه به ماهیت پژوهشی فعالیت­های این موسسه، آموزش و تربیت پژوهشگر ازطریق جذب و پذیرش دانشجویان دوره دکتری پژوهش محور نیز در این حوزه صورت می­گیرد. حوزه معاونت پژوهش و فناوری دارای سه بخش مدیریت امور پژوهشی و تحصیلات تکمیلی، مدیریت کارآفرینی ارتباط با جامعه و مدیریت اسناد و کتابخانه (فناوری اطلاعات) می­باشد که هر بخش با توجه به تفکیک وظایف به انجام امور تعریف شده در حوزه­ های مرتبط می­ پردازند.

مهم­ترین راهبردهای کلان در حوزه معاونت پژوهشی بر اساس برنامه تفصیلی توسعه موسسه در پنج سال آتی به قرار زیر است:

1.گسترش پژوهش­های کاربردی میان رشته­ ای

2.افزایش تولیدات پژوهشی تخصصی و فناورانه

3.انجام پژوهش­های کلان ملی و فراملی

4.توسعه کمی و کیفی گروه­ های پژوهشی

5.بهبود نظام مدیریت منابع انسانی(کارکنان و اعضای هیأت علمی)

6.تدوین، پیاده­ سازی و ارتقای نظام جامع اطلاعاتی

7.مستندسازی، پایش و بهبود مستمر فرایندها

8.استفاده کارآمد از قابلیت­ها، توانمندی­ها و ظرفیت­های موجود

9.ایجاد ساز و کار مناسب برای تجاری­ سازی نتایج پژوهشی و تولید ثروت

10.برقراری و گسترش ارتباط اثر بخش پژوهشکده با جامعه و صنعت در سطح ملی و فراملی

11.توسعه کمی و کیفی دوره­ های تحصیلات تکمیلی پژوهش محور

12.حضور در مراجع ملی مرتبط با حوزه مأموریت و ایفای نقش فعال و تأثیرگذار

13.توسعه امکانات نرم­ افزاری و سخت­ افزاری مورد نیاز