در راستای افزایش بهره وری از امکانات و تجهیزات پژوهشی و ارتقای توان پژوهشی اساتید، محققین و صنعتگران صنایع غذایی، موسسه پژوهشی علوم و صنایع غذایی به عنوان یکی از مهمترین مراکز پژوهشی در حوزه صنعت غذا در کشور اقدام به تاسیس آزمایشگاه مرکزی نموده است. این مجموعه دارای تجهیزات پیشرفته با چندین سال تجربه در انجام طرح های پژوهشی در زمینه مواد غذایی و انجام آزمونهای تخصصی بر روی مواد خوراکی و آشامیدنی شامل اندازه گیری فلزات سنگین به روش جذب اتمی، اندازه گیری مایکوتوکسین ها به روش HPLC ، اندازه گیری و تعیین پروفایل اسیدهای چرب، استرول های گیاهی، اندازه گیری آنتی اکسیدانها، افزودنی های غذایی از جمله رنگها و آزمایشات فیزیکوشیمیایی می باشد .

همچنین این مجموعه با اخذ مجوز همکاری سازمان غذا و دارو، سازمان ملی استاندارد و سازمان محیط زیست، خدمات خود را ارائه مي نمايد. مهمترین تجهیزات این آزمایشگاه شامل طیف‌سنجی پلاسمای جفت‌شده القایی، طیف سنجی جذب اتمی، کروماوگرافی گازی-طیف نگار جرمی، کروماتوگرافی مایع با کارایی بالا، اسپکتروفتومتری مرئی-فرابنفش، اندازه گیری فعالیت آبی،  دستگاه اندازه گیری BOD و... می باشند.